Ebenhofen, in den Geschichtsquellen als "Straßendorf am Terrassenrand der Wertach", in der ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts "Habenhofen" und "Hebenhofen", fort an bis zum 17. Jahrhundert meist "Heben- (auch Hewen-, Haeben-) hofen genannt, weist auf einen Personennamen "Hebo" oder "Ebo" (Koseform für Eberhard oder Hebo) hin; ein Geschlecht, das im Zuge der alemannischen Landnahme um oder kurz nach 500 n.Chr sich ansiedelte und dem Ort seinen Namen gab (bei den Höfen des Hebo). Die alemannische Besiedlung des Ortes ist mit den in den Jahren 1866, 1875 und 1901 entdeckten Reihengräbern zwischen den beiden nördlichsten Häusern des Ortes nachgewiesen. (südlich der Kirnach, östlich der Bahnlinie)
Die Funde lassen auch darauf schließen, daß die Siedler sich bereits zum Christentum bekannten (Gürtel mit Versen aus der Hl. Schrift u. a.). Die Franken, die im 8. Jahrhundert das Gebiet oberhoheitlich beherrschten, wiesen Ebenhofen dem "Keltensteingau" zu, der im 10. Jahrhundert zum "Augstgau" geschlagen wurde. Um die Jahrtausendwende lösten sich die Gaue der Franken auf. In der ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts bis in die Mitte des 13. Jahrhunderts ist die Herrschaft der Herren von Ursin-Ronsberg nachweisbar. In der Folgezeit erscheint Ebenhofen als ein Bestandteil der Herrschaft Kemnat, der die Niedergerichtsbarkeit, das Steuer- und Waffenrecht zustand. Ein geringerer Teil der Einwohner von Ebenhofen gehörte dem Reichsstift Kempten, das über alle Einwohner, auch die Herrschaft Kemnat, die hohe Obrigkeit ausübte. Ebenhofen gehörte, bis zu deren Auflösung um 1610, den sogenannten "Benzenauischen Gerichten" zu, benannt nach Ludwig von Benzenau, der Ende des 14. Jahrhunderts in die Herrschaft Kemnat einheiratete. Da dessen Nachfolger später den Ottilienberg bei Hörmanshofen als Sitz wählte, wurde Ebenhofen ein Bestandteil der Herrschaft Ottilienberg. Bernhard Freiherr von Stotzingen, der 1593 in die Familie von Benzenau einheiratete, aber kein Interesse an der erheirateten Herrschaft hatte, verkaufte Ottilienberg und damit auch Ebenhofen am 6. September 1610 um 104.000 Gulden an Heinrich von Knörringen, den Fürstbischof von Augsburg. Dieser errichtete dort eine Vogtei mit den Orten Ebenhofen, Biessenhofen und Ruderatshofen nebst den eingemeindeten Weilern. Das damit gleichzeitig geschaffene Unterpflegeamt wurde zwischen 1658 und 1666 aufgelöst und dem Pflegeamt Oberdorf einverleibt.
Der Dreißigjährige Krieg hinterließ auch in Ebenhofen Spuren. Von den insgesamt 41 Häusern, die vor dem Krieg bewohnt waren (hundert Jahre früher, 1529, waren es 37 bewohnte Häuser), standen 1650 21 Häuser leer. Die Einwohnerschaft bestand noch aus 36 Personen, die noch zum Teil "außerhalb" wohnten. Mit der Säkularisation im Jahre 1803 ging die fürstbischöfliche Herrschaft in Ebenhofen zu Ende, der Ort fiel dem Kurfürst von Bayern zu. 1804 wurde das Landgericht Oberdorf gegründet, zu dem Ebenhofen fortan gehörte. Aus diesem wurde als Folge der Trennung von Justiz und Verwaltung im Königreich 1862 das Bezirksamt Oberdorf. Dieses wurde im Jahre 1939 in Landkreis umbenannt. Die politische Gemeinde Ebenhofen entstand durch das Gemeindeedikt vom Jahre 1808. Vorher war Ebenhofen in der feudalen Zeit eine bäuerliche Wirtschaftsgemeinde ohne Selbstbestimmungsrecht der Bürger. In dem bis Ende des 2. Weltkrieges vornehmlich bäuerlich strukturierten Ort wurden in den 50-er und 60-er Jahren Gewerbegebiete und neue Wohngebiete ausgewiesen. Gewerbe- und Industriebetriebe siedelten sich an, neue Wohnsiedlungen entstanden. Die Entwicklung des Ortes verdeutlichen folgende Einwohnerzahlen:
1840 381 Einwohner
1939 451 Einwohner
1950 735 Einwohner
1987 1250 Einwohner
2007 1290 Einwohner
Eine rege Tätigkeit vieler Vereine mit kultureller Zielsetzung bestimmt das Leben in dem Allgäuer Ort, der seinen dörflichen Charakter - Gott sei Dank - nicht verloren hat. So wurden in Eigenarbeit durch Vereinsmitglieder in vielen freiwilligen Arbeitsstunden und mit finanziellen Opfern errichtet:
1968 ein Schützenheim mit 8 Schießständen
1968 vom Fußballclub Umkleidekabinen, die 1985 zu einem beachtlichen Vereinsheim erweitert wurden,
2007 zweite Erweiterung mit Küche und Aufenthaltsraum
1980 ein Kolpingsheim,
1980 von der Musikkapelle ein Proberaum im Untergeschoß der Turnhalle,
1984 erstmals ein Maibaum vom Maibaumclub, hervorgegangen aus dem
Schützennachwuchs,
1986 ein Feuerwehrhaus,
1991 die Erweiterung des Schützenheimes mit Umkleideräumen, Büro und Erweiterung auf 14 Schießbahnen. Seit 2005 mit elektrischen Schießständen.
2000 Eröffnung eines Heimatmuseums mit Exponanten aus Landwirtschaft und Handwerk. Das im Jahre 1964 erbaute Schulgebäude wurde weit über die Schul- und Gemeindereform der 70-er Jahre als gemeindliche Grundschule "hinübergerettet". Im Jahr 1980 wurde ihm eine Turnhalle, in der auch Breitensport betrieben wird, hinzugebaut. Nahe der Schule ist der Kindergarten in einem vor dem 2. Weltkrieg erbauten ehemaligen Schulgebäude untergebracht.
Alle diese Einrichtungen liegen, gleichsam musterhaft, zusammen im Zentrum des Ortes. Seit 1876 ist Ebenhofen Bahnstation an der Bahnstrecke Biessenhofen – Füssen Im Jahre 1971 entschied sich die bis dahin selbständige Gemeinde für die Eingemeindung in die Nachbargemeinde Altdorf - nunmehr Biessenhofen. Die Eingemeindung wurde am 1. April 1971 wirksam. Mit den Nachbargemeinden Aitrang, Ruderatshofen und Bidingen ist die über 4.000 Einwohner zählende Gemeinde Biessenhofen seit 1973 Mitglied der gleichnamigen Verwaltungsgemeinschaft.
Die Kirchengeschichte beginnt in Ebenhofen Anfang des 14. Jahrhunderts. 1312 ist erstmals ein "Leutpriester" Bertold in Ebenhofen nachgewiesen. Die Pfarrei ist als Tochterpfarrei der Altdorfer Mutterpfarrei anzusehen. Im Jahre 1490 wurde der (heute noch stehende) Kirchturm um 500 Gulden und im Jahre 1503 die Kirche um 300 Gulden von dem Baumeister Konrad Kunig in Kaufbeuren erbaut. Ihre jetzige Gestalt erhielt die Kirche durch Umbauten in den Jahren 1692 - 1693. Eine romanische Einrichtung der Kirche wurde in den Jahren 1870/71 neu erstellt. Diese wurde von einer barocken Einrichtung im Jahre 1904 abgelöst, eine Einrichtung, die nach erfolgter gelungener Renovierung in den Jahren 1982 - 1984 dem Besucher sich glanzvoll darbietet.
